Femern-projektets tunnelbyggeplads på den tyske side ligger øst for færgehavnen i Puttgarden på Fehmarn. Byggepladsens samlede areal er på omkring 90 hektar.
Byggepladsen og den tilhørerende arbejdshavn er en del mindre end faciliteterne ved Rødbyhavn, da produktionen og udskibningen af tunnelelementer finder sted på dansk side. Således er byggepladsen hovedsageligt tilknyttet byggeriet af selve tunnelportalen på Fehmarn.
Forsyninger og råmaterialer til byggeriet på begge sider biver i vid udstrækning sejlet ind via arbejdshavnen. Det begrænser den tunge trafik til og fra byggepladsen og minimere belastningen af det lokale vejnet.
Udover byggeriet af tunnelportalen på Fehmarn, omfatter projektet også tilslutninger til det eksisterende vejnet - hovedvej B207 og motorvej E47 - og den eksisterende jernbane.
Det lokale vej- og stinet vil også blive justeret, og der opføres flere mindre broer og tunneler for at sikre passage for den lokale trafik.