Før opstarten på byggeriet af Femern Bælt-tunnelen, skulle den enorme byggeplads forberedes med vand, strøm, kanaler og arbejdsveje, så den var klar til entreprenørerne.
Uden om byggepladsen blev der anlagt over 4 kilometer cykelstier og stibroer, der sikrer, at cyklister og gående let og trygt kan komme uden om byggepladsen, mens der bygges.
Entreprenørenes første opgave var at etablere den enorme arbejdshavn ved Rødbyhavn, der har en væsentlig rolle i anlægsfasen. Ved at sejle råmaterialer som sten, sand, grus og stål direkte til byggepladsen via arbejdshavnen sparer man en omfattende og tung transport med lastbiler på vejene.
Det er også via arbejdshavnen at udskibning af de færdige tunnelelementer foregår gennem.
På tysk side ved Puttgarden er der også blevet opført en mindre arbejdshavn, der skal bruges til transport af råmateriale under byggeriet af tunnelportalen på den tyske side.
Efter opførelsen af de to arbejdshavne, var næste skridt at opføre selve tunnelelementfabrikken, som er placeret i Rødbyhavn. Fabrikken er cirka en mio. kvadratmeter og er udstyret med seks produktionslinjer til de standard- og specialelementer, tunnelen skal bygges af.
Lidt vest for byggepladsen er der blevet opført et stort boligområde til tunnelarbejderne, hvor de kan få kost og logi.
Til søs var den 18 km lange tunnelrende medio april 2024 færdigudgravet. Tunnelrenden er her hvor elementerne skal nedsænkes. I alt er der blevet udgravet op mod 19 mio. kubikmeter sand, sten og jord, som skal blive til en 300 hektar ny strandpark ved Rødbyhavn.
Udgravningen foregår med specialdesignede graveskibe. I de kystnære områder er det pramme med backhoes, der er blevet brugt. På det dybere vand har det været nødvendigt at bruge såkaldte grab dredgers og sandsugere.