Bevor mit dem Bau des Fehmarnbelt-Tunnels begonnen werden konnte, wurden die Baustellen bei Rødbyhavn auf Lolland und Puttgarden auf Fehmarn gründlich vorbereitet.
Bei Rødbyhavn wurden Baustraßen und neue Entwässerungsgräben angelegt sowie Strom-, Wasser- und Abwasserleitungen verlegt. Ebenso wurden rund vier Kilometer Radwege errichtet. Um die Baustelle herum wurden neue Teiche angelegt und Amphibienzäune errichtet.
Auch die Baustelle bei Puttgarden wurde erschlossen. So wurden beispielsweise Frisch- und Abwasserleitungen sowie Stromkabel verlegt und Baustraßen errichtet. Zwei Umspannwerke wurden gebaut, um die Baustelle mit Strom zu versorgen. Darüber hinaus wurden Ausgleichsflächen für verschiedene Vogelarten geschaffen und Amphibienzäune gebaut.