Auf dänischer und deutscher Seite wird ein Tunnelportal errichtet, also die Einfahrt in den Tunnel für Autos und Züge. Über Rampen werden die Bahngleise und die Straße in den Tunnel geführt. 

Die Arbeiten für die Errichtung der Baugrube, in der das Tunnelportal auf der dänischen Seite entsteht, begannen 2020, auf der deutschen Seite im Jahr darauf. In den Baugruben werden die Tunnelabschnitte in offener Bauweise errichtet. Dabei werden zunächst die Sohlen, dann die Seitenwände und schließlich die Decken dieser Tunnelabschnitte an Land betoniert. Mittlerweile befindet sich jeweils der vorderste Abschnitt des am Land gebauten Tunnelabschnitts auf beiden Seiten des Fehmarnbelts unter Wasser. Dort können dann jeweils die Tunnelelemente abgesenkt und verbunden werden - zuerst auf dänischer, später auch auf deutscher Seite.

Die große Fabrik bei Rødbyhavn, in der die 89 Tunnelelemente hergestellt werden, besteht aus insgesamt sechs Produktionslinien. Im Juli 2023 wurde dort mit der Betonage der Tunnelsegmente (ein Tunnelelement besteht aus neun Segmenten) begonnen. Mittlerweile sind die ersten Elemente fertig betoniert. Insgesamt werden 79 Standard- und 10 Spezialelemente hergestellt.

Die Spezialelemente verfügen über ein Kellergeschoss, in dem technische Anlagen des Tunnel untergebracht sind. Das erleichtert die spätere Instandhaltung des Tunnels. Die Tunnelelemente werden in industrieller Serienproduktion hergestellt, was den Bau besonders effizient macht.

In der Fabrik werden die Elemente schrittweise in Segmenten von etwa 24 Metern Länge gegossen. Ein Standardelement besteht aus neun Segmenten. 

Weil die Produktion in klimatisierten Hallen stattfindet, ist eine hohe Materialqualität sichergestellt. Das ist wichtig, da der Fehmarnbelt-Tunnel auf eine Lebensdauer von mindestens 120 Jahre ausgelegt ist.

Wenn ein Element fertig produziert ist, wird es an beiden Enden mit wasserdichten Schotten versehen und mit Schleppern an die jeweilige Stelle im Fehmarnbelt  gebracht.

Die Elemente werden mit hoher Präzision in den vorher ausgehobenen Tunnelgraben abgesenkt und sorgfältig miteinander verbunden. Zwischen den Schotten der benachbarten Tunnelelemente entsteht ein Zwischenraum, der zunächst mit Meerwasser gefüllt ist.  Durch das Abpumpen dieses Wassers entsteht ein großer Unterdruck. Der natürliche Druckunterschied sorgt dafür, dass die beiden Elemente absolut wasserdicht miteinander verbunden werden.

Nachdem die Tunnelelemente zusammengesetzt worden sind, kann damit begonnen werden, die technischen und mechanischen Anlagen in  den Tunnelröhren zu installieren. Dazu gehören untere anderem Gleise, Lüftungsanlagen, Kameras, Kommunikationssysteme und die Beschilderung.

All diese Systeme werden vor der geplanten Eröffnung 2029 gründlich getestet.