Dazu gehört die jährliche Überprüfung des Meeresbodens im Fehmarnbelt durch Experten des DHI, einer auf die marine Umwelt spezialisierten Forschungsinstitut. Dafür werden entlang definierter Strecken präzise Videoaufnahmen vom Meeresboden erstellt. Die Biologen aus dem DHI-Team werten die Videos anschließend in Hinblick auf Arten und Pflanzenbewuchs aus.

Außerdem werden auch die kleinsten Lebewesen im Meeresboden, das Benthos, untersucht. Dazu gehören unter anderem Krebse und Würmer. Für die Untersuchung entnehmen Taucher von MariLim, einem auf die Gewässeruntersuchung ausgerichtetem Unternehmen, Proben vom Meeresboden in der Nähe der Küsten von Fehmarn und Lolland. Mit Hilfe eines Probennahme-Rahmens in der Größe von 33cm x 33cm sammeln sie Sediment vom Meeresboden ein. Im Labor werden die Proben sorgfältig gespült, sortiert und gewogen - so können die Arten identifiziert und ihr Gesamtgewicht bestimmt werden.

Neben dem Leben am Meeresboden wird auch das Material des Meeresbodens selbst überwacht. Um zu verfolgen, ob sich die Lebensbedingungen für Pflanzen und Tiere im Fehmarnbelt während der Aushubarbeiten verändern, werden von den Spezialisten von WSP, einem international tätigen Ingenieurbüro, mehrmals im Jahr Proben von verschiedenen Stellen des Meeresbodens gesammelt. Dafür entnehmen Taucher nach einem festgelegten Verfahren mit Schläuchen Proben des oberen Meeresbodenmaterials, um ein repräsentatives Bild über den Zustand des Meeresbodens im Fehmarnbelt zu erhalten.

Zum marinen Monitoring gehört außerdem ein Netz von Messstationen im gesamten Fehmarnbelt. Mehrere Bojen mit Überwachungsgeräten sammeln kontinuierlich Informationen über die Wasserumwelt. Auf diese Weise können der Sedimentgehalt im Wasser, die Strömungsgeschwindigkeiten, die Wellenhöhen und vieles mehr erfasst werden. Um sicherzustellen, dass alle Instrumente ordnungsgemäß funktionieren, überprüfen, reinigen und warten spezialisierte Vermessungsingenieure die Geräte regelmäßig. Die Daten der Instrumente können direkt auf Ægir, dem frei zugänglichen Umweltdatenportal von Femern A/S, verfolgt werden.