Når tunnelen er færdig, vil den ikke være en hindring for skibstrafikken i Femern Bælt. Også i byggefasen har sikkerheden til søs højeste prioritet.

Femern Bælt-tunnelen bliver mindst lige så sikker som en tilsvarende strækning på land. Tunnelen er udstyret med fuldt nødspor og nødudgange på hele strækningen.

Tunnelen overvåges døgnet rundt fra både tunnelens eget lokale kontrolcenter, LCC, på den danske side af Femern Bælt, og fra togtrafikkens kontrolcenter i København, TCC.